El Órgano Interno de Control del Instituto está dotado de autonomía técnica y de gestión para decidir su funcionamiento y resoluciones.
Tiene a su cargo prevenir, corregir, investigar y calificar actos u omisiones que pudieran constituir responsabilidades administrativas de servidores públicos del Instituto y de particulares vinculados con faltas graves; para sancionar aquellas distintas a las que son competencia del Tribunal Federal de Justicia Administrativa; revisar el ingreso, egreso, manejo, custodia, aplicación de fondos y recursos públicos federales; así como presentar las denuncias por hechos u omisiones que pudieran ser constitutivos de delito ante la Fiscalía Especializada en Combate a la Corrupción.