Corresponde a la Titular de la Autoridad Investigadora desahogar la etapa de investigación por probables practicas monopólicas, concentraciones ilícitas, barreras a la libre concurrencia y la competencia económica, y demás restricciones al funcionamiento eficiente de los mercados. Asimismo, es parte en el procedimiento seguido en forma de juicio de conformidad con lo previsto en la Ley Federal de Competencia Económica.

Corresponde a la Dirección General de Prácticas Monopólicas y Concentraciones Ilícitas tramitar y realizar las investigaciones por probables violaciones a la Ley Federal de Competencia Económica, así como recibir y tramitar las solicitudes para acogerse a los beneficios de dispensa y reducción de sanciones

Corresponde a la Dirección General de Condiciones de Mercado tramitar y realizar las investigaciones sobre condiciones de competencia efectiva, existencia de poder sustancial en el mercado relevante y declaratorias sobre condiciones de competencia, así como las investigaciones con el fin de determinar la existencia barreras a la competencia e insumos esenciales.

Corresponde a la Dirección General de Análisis Económico apoyar en el análisis de los aspectos económicos de los asuntos tramitados ante la Autoridad Investigadora.

Corresponde a la Dirección General Adjunta de Análisis Jurídico apoyar en el análisis jurídico de los asuntos tramitados ante la Autoridad Investigadora y coadyuvar con la Unidad de Asuntos Jurídicos en la sustanciación de los juicios de amparo en que sea parte.